Humani papiloma virus je resna grožnja. Diagnostika je potrebna za določitev seva okužbe in tveganja za njeno onkogenost. Takšne informacije nam omogočajo, da oblikujemo najprimernejši in najučinkovitejši načrt zdravljenja.
Diagnostika klamidije z uporabo PCR je najbolj občutljiva in specifična metoda od vseh, ki se trenutno uporabljajo v laboratorijih. Občutljivost metode je 95–97 %, specifičnost pa 95–98 %.
Mikoplazme veljajo za oportunistične patogene. Vztrajajo in parazitirajo na membranah epitelijskih celic ter se lahko nahajajo tako zunaj kot znotraj celice.
PCR omogoča neposredno ugotavljanje prisotnosti gonokokne DNA in kvantitativno izražanje njihove koncentracije v preiskovanem materialu. Preiskovani material je lahko sputum, izpiralna tekočina, urin, punkti iz različnih organov in cist itd.
Diagnostična občutljivost PCR za odkrivanje Helicobacter pylori v biopsijah želodčne sluznice je 88–95,4 %, specifičnost pa 100 %; v koproflatih 61,4–93,7 % oziroma 100 %.
Za razliko od seroloških metod za diagnosticiranje tuberkulozne okužbe, ki odkrivajo protitelesa proti Mycobacterium tuberculosis, PCR omogoča neposredno odkrivanje DNA Mycobacterium tuberculosis in kvantitativno izražanje njihove koncentracije v testnem materialu.
V zadnjem času se za diagnosticiranje herpesne okužbe uporablja odkrivanje DNK HSV 1 in 2 v materialu iz veziklov in razjed kože ali sluznic (vključno z očesno veznico) z metodo PCR (zelo občutljiva, specifična in hitra diagnostična metoda).
Odkrivanje virusa v bolnikovi krvi z uporabo PCR se uporablja za diagnosticiranje okužbe s citomegalovirusom in spremljanje učinkovitosti protivirusnega zdravljenja.
Neposredna kvantitativna določitev HIV RNA s PCR omogoča natančnejšo napoved stopnje napredovanja bolezni pri posameznikih, okuženih z virusom HIV, kot določanje števila celic CD4+ in s tem natančnejšo oceno njihovega preživetja. Visoko število virusnih delcev je običajno povezano s hudo imunsko okvaro in nizkim številom celic CD4+.