Najpogostejše indikacije za presaditev roženice so bulozna keratopatija (psevdofakična, Fuchsova endotelijska distrofija, afakična), keratokonus, ponovna presaditev tkiva, keratitis (virusni, bakterijski, glivični, akantamebni, perforacijski) in stromalne distrofije roženice.