HCV genom vsebuje pozitivno nabito enoverižne RNA, ki kodira 3 strukturno (nukleokapside jedrni protein in nukleoproteine E1-E2 ovojnico) in 5 strukturne (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) proteine. Vsaka od teh proteinov sintetiziramo protitelesa najdemo v krvi pacientov s hepatitisom C.