Genom HCV predstavlja enoverižna pozitivno nabita RNA, ki kodira 3 strukturne (jedro nukleokapsidnega proteina in nukleoproteine ovojnice E1-E2) in 5 strukturnih (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) proteinov. Za vsak od teh proteinov se sintetizirajo AT, ki jih najdemo v krvi bolnikov z virusnim hepatitisom C.