V primeru izrazitih in vztrajnih manifestacij te bolezni se izvajajo tečaji bolnišničnega zdravljenja. V tej fazi fizioterapija za vegetativno-vaskularno distonijo vključuje terapijo z elektrospanjem, galvanizacijo in elektroforezo ustreznih zdravil na določenih področjih, darsonvalizacijo lokalnih bolečih območij na bolnikovem telesu, izpostavljenost diadinamičnim tokovom, lasersko (magnetno-lasersko) terapijo, hidro- in balneoterapijo po splošno sprejetih metodah, odvisno od oblike bolezni.