Določanje protiteles proti mikrosomski frakciji ščitnice se uporablja za diagnosticiranje avtoimunskega tiroiditisa in hipotiroidizma, pri katerem se raven protiteles v krvi poveča. Protitelesa proti tiroidnim mikrosomom tvorijo imunske komplekse na površini celic, aktivirajo komplement in citotoksične limfocite, kar vodi do uničenja celic in nastanka vnetnega procesa v ščitnici.