Določanje protiteles proti mikrosomski frakciji ščitnice se uporablja za diagnosticiranje avtoimunskega tiroiditisa in hipotiroidizma, v katerem se raven protiteles v krvi dvigne. Protitelesa proti ščitničnim mikrosomom tvorijo imunske komplekse na celični površini, aktivirajo komplement in citotoksične limfocite, kar vodi do uničenja celic in tvorbe vnetnega procesa v ščitnici.