Klinična diagnoza je zanesljiva samo za kronično pljučnico, vendar je verjetnost pnevmokokne etiologije pljučnice, otitisa, sinusitisa, ki jo je pridobila v skupnosti, 60-80 °. Preveri diagnozo lahko temelji samo na rezultatih mikrobioloških študij ustreznih biosubstrate: rinitis - nosa (kap) s otitis, sinusitis - gnojni izcedek, s pljučnico - sputum, meningitis - cerebrospinalni tekočini.