Klinična diagnoza je zanesljiva le v primeru lobarne pljučnice, vendar je verjetnost pnevmokokne etiologije zunajbolnišnične pljučnice, otitisa, sinusitisa 60-80°. Diagnozo je mogoče potrditi le na podlagi rezultatov mikrobiološke preiskave ustreznega biosubstrata: v primeru rinitisa - izcedek iz nosu (razmaz), v primeru otitisa, sinusitisa - gnojni eksudat, v primeru pljučnice - sputum, v primeru meningitisa - cerebrospinalna tekočina.