Zdravljenje meningokokne okužbe je odvisno od klinične oblike bolezni. V primeru nazofaringitisa je terapija simptomatska. Če je diagnoza bakteriološko potrjena, se benzilpenicilin, ampicilin, cefalosporini prve in druge generacije, kloramfenikol, pefloksacin uporabljajo v povprečnih terapevtskih odmerkih 3 dni. Ne sme se uporabljati kotrimoksazola in aminoglikozidov, na katere je večina trenutno obstoječih sevov meningokoka odporna.