Nekatere vrste avtoimunskega hepatitisa nimajo jasno opredeljenega vzroka, druge pa so povezane z znanimi povzročitelji, kot je tienska kislina (diuretik), ali z boleznimi, kot sta hepatitis C in D. Na splošno ima avtoimunski hepatitis neznane etiologije bolj dramatično klinično sliko, z višjo aktivnostjo serumskih transaminaz in ravnmi γ-globulina, histologija jeter kaže na večjo aktivnost kot v primerih znane etiologije in boljši odziv na zdravljenje s kortikosteroidi.