Zapleti žolčnih poti po presaditvi jeter se razvijejo v 10–20 % primerov. Mednje spadajo strikture, uhajanje žolča, fistule in holangitis. Opazimo lahko strikture anastomoz, ki jih povzročijo tehnične napake, vnetje zaradi uhajanja žolča in fibroze, ter strikture, ki niso povezane z anastomozami, nastale nad anastomozo v smeri porta hepatis, v nekaterih primerih pa jih povzroča ishemija vodov.