Bolnike skrbijo naslednji simptomi klopnega encefalitisa: glavobol, splošna šibkost, slabo počutje, mrzlica, občutek vročine, potenje, omotica, bolečine v zrkel in fotofobija, izguba apetita, bolečine v mišicah, kosteh, hrbtenici, zgornjih in spodnjih okončinah, križu, vratu in sklepih.