Anomalije strukture ledvičnega parenhima delimo na megakaliks, Fanconijev sindrom in gobasto ledvico. Te razvojne napake pogosto spremlja okvarjeno delovanje ledvic.
Zlitje ledvic je razvojna napaka, ki se kaže v zlitju dveh ledvic v en sam organ. Ta anomalija se pojavlja s pogostostjo 3,5 % primerov med vsemi okvarami ledvic.
Ledvična distopija je razvojna anomalija, za katero je značilna nenormalna lega ledvičnih struktur. Ta razvojna napaka se pojavlja s pogostostjo 2,8 % vseh razvojnih napak ledvic.
Ledvična hipoplazija je razvojna anomalija, za katero je značilno zmanjšanje velikosti ledvice. Ta napaka se pojavlja s pogostostjo 0,9 % med vsemi ledvičnimi anomalijami.
Podvajanje ledvic je najpogostejša malformacija ledvic, ki predstavlja 10,4 % vseh anomalij sečil. Glede na patološke izvide se podvajanje ledvic pojavlja s pogostostjo 1:150.
Ageneza ali ledvična aplazija - prirojena enojna ledvica, popolna odsotnost ledvice in ledvičnih žil predstavlja 1% vseh okvar. Pogostost anomalije je po obdukcijskih podatkih 1 na 1100.
Anomalije ledvičnega žilja so razdeljene na prirojene napake strukture, količine, oblike in lokacije arterijskih žil ter so najpogosteje diagnosticirane med vsemi anomalijami ledvic in sečil.
Hilurija je patološko stanje, ki ga spremlja izločanje limfe z urinom. Urin je mlečne barve. Hilurija nastane kot posledica fistule med limfnim sistemom in sečili.