Klinično je diagnozo šigeloze mogoče postaviti le v primerih tipične kolitične variante bolezni. Za razjasnitev diagnoze v primerih, ki jih laboratorijski testi ne potrdijo, se opravi rektoskopija, ki v vseh primerih šigeloze razkrije sliko kolitisa (kataralnega, hemoragičnega ali erozivno-ulcerativnega) s poškodbo sluznice distalnega kolona, pogosto s sfinkteritisom.