Odkrivanje povzročitelja je ključnega pomena za potrditev diagnoze pnevmocistoze. Glavni material za študijo je sputum, bronhialni izločki, izpirki, pridobljeni med bronhialno lavažo ali bronhoalveolarno lavažo, koščki pljučnega tkiva, odvzeti med transbronhialno, perkutano ali odprto biopsijo. Najpogosteje se zaradi resnega stanja bolnika ti posegi ne izvajajo, da bi se izognili zapletom.