Pred več kot 10 leti je bil odkrit gen, katerega mutacije povzročajo razvoj HIGM1 oblike bolezni. Leta 1993 so bili objavljeni rezultati petih neodvisnih raziskovalnih skupin, ki kažejo, da so mutacije v genu CD40 liganda (CD40L) molekularna pomanjkljivost, ki je osnova Xt verige sindroma hiper-IgM. Gen, ki kodira gp39 (CD154) - CD40L protein, se nahaja na dolgi roki X kromosoma (Xq26-27). CD40 ligand je izražen na površini aktiviranih T-limfocitov.